The microbiome in inflammatory bowel disease: current status and the future ahead.

Studies of the roles of microbial communities in the development of inflammatory bowel disease (IBD) have reached an important milestone. A decade of genome-wide association studies and other genetic analyses have linked IBD with loci that implicate an aberrant immune response to the intestinal microbiota. More recently, profiling studies of the intestinal microbiome have associated the pathogenesis of IBD with characteristic shifts in the composition of the intestinal microbiota, reinforcing the view that IBD results from altered interactions between intestinal microbes and the mucosal immune system. Enhanced technologies can increase our understanding of the interactions between the host and its resident microbiota and their respective roles in IBD from both a large-scale pathway view and at the metabolic level. We review important microbiome studies of patients with IBD and describe what we have learned about the mechanisms of intestinal microbiota dysfunction. We describe the recent progress in microbiome research from exploratory 16S-based studies, reporting associations of specific organisms with a disease, to more recent studies that have taken a more nuanced view, addressing the function of the microbiota by metagenomic and metabolomic methods. Finally, we propose study designs and methodologies for future investigations of the microbiome in patients with inflammatory gut and autoimmune diseases in general.

和訳
「炎症性腸疾患のマイクロバイオーム:現状と将来」

炎症性腸疾患(IBD)の発症における微生物群集の役割に関する研究は、重要な節目を迎えている。10年にわたって行われたゲノムワイド関連解析や他の遺伝子解析により、IBDは、腸内細菌叢に対する特異な免疫応答を暗示する遺伝子座と関連付けられた。より最近の腸内微生物叢のプロファイリング研究でIBDの発症は腸内細菌叢組成の特徴的なシフトと関連付け、IBDが腸内微生物と粘膜免疫系との間の相互作用の変化に起因するとの見方を補強した。技術の向上は、宿主とそれに定着する細菌叢との間の相互作用と、大規模な経路の視点、及び代謝レベルの両方からIBDにおけるそれぞれの役割に関する我々の理解を増すことができる。我々は、IBD患者の重要なマイクロバイオーム研究を振り返り、我々が腸内細菌叢の機能障害のメカニズムについて学んだことについて述べる。我々は、特定の生物の疾患との関連を報告している16Sに基づく探索的研究から、メタゲノム的及びメタボローム的方法により微生物叢の機能に取り組んでいるより微妙な見解をとっているもっと最近の研究まで、マイクロバイオーム研究の最近の進歩について説明する。最後に我々は、炎症性腸炎及び自己免疫疾患一般の患者における将来のマイクロバイオーム研究のための研究デザインと方法論を提案する。

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